初めまして、こんばんは。
Nickです。
まさに書いていただいた理由により、冷凍品の湯煎加熱のシミュレーションには、5℃スタートの加熱とは異なるモデルが必要です。
冷凍品のケースもDouglas Baldwin のサイトのどこかに載っていたはずなので、興味があれば調べてみてください。
モデルのディスクリプションがどの程度詳細に提供されていたかまでは記憶が定かではありませんが、少なくともチルドの場合のような（十分に実用的な）温度×時間のマトリクスは存在していたかと思います。

この記事における加熱時間が基本的な熱拡散PDEを元に算出されるのは分かりますが、食材が5℃からではなく冷凍された状態からスタートするとどうなるのでしょうか？
凍った水分を解凍するためにより多くのエネルギーが必要で、単純な熱拡散PDEだと記述できていない部分があると思います。
（実際に凍ったものをAnovaで加熱しようとするとお湯の温度が少し下がってしまう、などの問題まで反映して正確にシミュレーションしようとするとかなり大変そうですが、仮にその影響を無視して等温加熱だとして）
熱拡散PDEの導出まで遡ればどうシミュレーションすればいいのか分かりそうな気はしますが、あまり自信が持てず、Nickさんの考えを伺いたくコメントしました。